1 包装材料
食品包装有害物质残留主要来源于包装材料，特别是包装印刷过程中使用含苯、正己烷、卤代烃等有害化工材料作主要原料的油墨、溶剂所致。而且，这类富含有害物质的油墨、溶剂在生产过程中还会引起操作工人的急性、慢性中毒，既影响劳资双方的合作关系，也严重影响社会稳定。
食品软包装材料主要有聚乙烯、聚丙烯、聚酯、聚酰胺等高分子材料。这些包装材料因本身分子结构和成型工艺及所加助剂不同而表现出较大差异。因此，对于食品厂家来说选择一种适合自己产品的包装材料尤为重要，否则就会出现食品安全问题。例如，因材料阻隔性差，就会缩短液态奶的保质期甚至短时间内引起变质等，而对于保鲜膜来说如果没有适量的透气量又无法保证蔬菜的新鲜。PVC保鲜膜本身对人体的潜在危害主要来源于两个方面：一是PVC保鲜膜中氯乙烯单体残留量超标，二是PVC保鲜膜加丁过程中使用DEHA增塑剂，遇上油脂或加热时，DEHA容易释放出来，随食物进入人体后有害健康。
双酚A是一种普遍应用在塑料食品包装材料中的化学物质，在锡罐内涂层和粘合剂中也在使用。塑料食品包装中的双酚A在加热后可融入食品，它具有类雌激素的功能。前不久美国研究人员通过动物实验发现，双酚A可能会增加女性患乳腺癌的危险。
2 印刷油墨
食品包装膜对油墨的要求除了具有一般的与基材结合力、耐磨性外，还要能够耐杀菌和水煮处理要求，及耐冻性、耐热性等以保证在运输、存储过程中不会发生油墨脱落、凝结等现象。
意大利有关部门在抽样检测后发现雀巢婴儿牛奶中存在微量感光化学物质——异丙基硫杂蒽酮。这种物质本来存在于婴儿牛奶包装盒的印刷油墨中，可能是微量的油墨渗透到婴儿牛奶中。国内也曾出现过印刷油墨污染食品的事件。2005年甘肃某食品厂发现生产的薯片有股很浓的怪味，厂方立即把已经批发到市场的600多箱产品全部收回。经过兰州大学化学实验室的检测，认为怪味来自食品包装袋印刷油墨里的苯，其含量约是国家允许量的3倍。苯的残留量如果超标，有可能引起癌症和血液系统疾病。
目前大多数油墨本身含苯，只能用含有甲苯的混合溶剂来进行稀释，如果企业在生产食品包装袋时使用了纯度较低的廉价甲苯，那么苯残留的问题会更加严重。问题在于相关标准对食品包装材料的苯含量虽然作了限量规定，但是，限量控制对企业来说很难做到。原因在于，苯的检测费用颇高，一个包装检测就要花1000多元。
3 印刷辅料
食品包装印刷污染已经成为食品二次污染主要原因之一。一直以来被公认为是致癌物质的苯类，目前主要用于复合包装材料粘合剂和塑料印刷油墨的溶剂。由于在印刷过程中苯类溶剂挥发不完全，有可能造成苯类物质在包装材料中残留。在食品包装过程中，苯类物质渗透到食品中，从而造成对食品的污染。
据统计，2004年，我国规模化厂家生产的食品及药品包装用塑料油墨中，其中用于BOPP膜印刷的氯化聚丙烯油墨的含量占到60％以上，而该体系的油墨溶剂和稀释溶剂中，苯类溶剂的含量一般占到50％左右，不但危害人类身体健康，而且影响到我国食品包装业，甚至整个食品工业的健康发展。残留在包装内的苯类溶剂，易被包装内的食品吸附，导致食品污染。虽然苯溶油墨在印刷时通过于燥可去除绝大部分甲苯溶剂，但是由于油墨中的颜料吸附力强，仍易产生残留。
2006年3月，在中国包装联合会塑料包装委员会召开的食品塑料包装材料卫生安全座谈会上，参会代表一致认为，我国食品塑料材料包装的安全形势非常严峻，市场上很多食品塑料包装材料难以符合国家对食品安全、卫生和环保方面的要求。苯类溶剂的毒性较大，如渗入皮肤或血液会随血液危及人的血球及造血机能，损害人的神经系统，导致白血病发生，美国FDA将它列为可致癌化学品。因此，在美国、西欧以及日本等发达国家明文规定在食品包装印刷中禁止使用苯类溶剂。而相反，我国至今没有明确的规定。在食品包装薄膜、制袋生产中，油墨和粘合剂的溶剂普遍使用苯类（甲苯、二甲苯）溶剂，没有管理和监督，目前已到了有关部门应该下决心严加管理的地步。
4 印刷工艺
我国日前的食品包装袋基本上以凹印为主，在超市里所见到的各种各样的食品包装袋，包括饼干、糕点、奶粉等包装，也基本上采用氯化聚丙烯类油墨印刷的居多。而欧美等国家大都采用柔印为主，柔印在网点表现上比凹印稍逊一筹，印刷质量稍逊，但是在环保方面却占尽先机。在我国，柔印等环保技术在市场上的接受度并不高。因为柔印采用的是凸印原理，比起浓油重彩的凹印，相对上色油墨较少，比较薄，着色度也不是很高，从亮度上来讲不及凹印鲜亮。
近年来，由于食品包装中有害物质残留过高，食品因此被污染而引起中毒的事件频频发生，给创建和谐社会带来诸多不利因素。2004年9月，国家质检总局公布的食品包装（膜）抽查结果表明，除一般的塑料袋外，专用的食品包装袋抽检不合格率高达15％。近几年各地包装袋的抽样合格率普遍偏低，合格率只有50％—60％。有关方面必须尽快加强油墨、胶粘剂、印刷、复合加工新技术、新工艺的研究，生产出安全、环保的食品包装产品
