薄膜柔印水性油墨在应用中有四个问题是必须要注意的。
目前包装印刷业使用的薄膜有极性与非极性两大类，因此针对不同极性的薄膜选用不同的柔印水性油墨是必不可少的。
前几年，当凹印油墨从苯类溶剂向非苯类溶剂过渡时，业内曾经有过一个争议：究竟是开发一种可以适应所有薄膜的油墨为好，还是针对不同极性的薄膜开发不同的油墨为好?前一种方案可以归纳并减少油墨品种，使用户积压的残墨最少，这样可以节约油墨库存。后一种方案的不同油墨有不同的价格，针对不同薄膜可以用价格最合理的油墨，可以节约油墨成本。后一种方案其实还牵涉到包装印刷企业的产品竞价和市场争夺，笔者是支持后一种方案的。这个观点同样也适合于柔印水性油墨。
柔印水性油墨在薄膜表面附着，要求薄膜表面张力在38mN/m以上，若薄膜表面张力不达标，必须事先对薄膜进行电晕处理，或底涂合适的涂层以改变薄膜本身的性能。
在已经处理过的薄膜表面印刷，若要油墨的附着力高，必须要符合三个条件。一是水性乳液的树脂特性必须与薄膜特性相近，水性油墨在转移到薄膜上的瞬间，应该对薄膜有一个微溶阶段。就像溶剂型油墨在薄膜上的附着一样，油墨同薄膜相似相近而达到相溶，符合溶解性第一特点：极性相近原理。微溶阶段其实就是在薄膜表面建立锚固点，建立墨膜可以附着其上的根基。二是墨膜在薄膜表面的润湿，这种润湿能力越强，锚固点越多。三是细密而坚固的墨膜，将各锚固点有效连接。
因此，选用不同的水性乳液，以应对不同特性的薄膜，及维持最低的油墨成本。除非各种水性乳液的价格相同，才可能采用同一水性乳液应对各种薄膜。
国内油墨行业有一个行业标准，要求油墨干燥后墨膜的表面张力大于38mN/m，这是为保证油墨叠色率建立的一个重要基石。多色印刷中后一色墨在前一墨膜上的相叠，光油在墨膜上的相叠，均离不开这个基石。检测这个数据的方法比较简单，一支电晕笔即可;但改善这项性能还需从水性油墨配方着手，这是大意不得的。
UV油墨的回收很容易，但若改为价格便宜许多的柔印水性油墨，生产中就需注意及时回收和储存。墨槽需涂布特氟龙，清理时不使其黏附油墨，避免浪费。
不管网纹辊与版辊的速度差异如何，UV油墨印刷中是没有鬼影的。而柔印水性油墨与柔印溶剂型油墨一样，若网纹辊与版辊在速度配合上有异，很有可能会产生鬼影。因此，在生产中需要加以预防。
用柔印水性油墨挑战柔印UV油墨，这在降低产品成本方面对包装印刷业有着极大的诱惑。这个方案在国外已有成功的案例：美国柔印标签业大部分都采用水性油墨，而不是UV油墨，成本大幅度下降了，操作人员也没有感到很大的不方便。但是由于美国印刷业的产品质量在我们国内同行中的口碑并不好，国内印刷业对采用这一方案始终举棋不定。其实如果具体地对柔印水性油墨与UV油墨逐一比较，我们就会发现，柔印水性油墨还是存在许多胜出空间的，关键在于其性能的改善和油墨配方的调整。衷心地希望国内油墨界能早日攻克这一难关，消除印刷界对柔印水性油墨的质疑，推动其在薄膜印刷中的应用。
